|
|
Analýza dat ze sekvenování příští generace ke studiu aktivity transposonů v nádorových buňkách
Hrazdilová, Ivana ; Čegan,, Radim (oponent) ; Eduard, Kejnovský (vedoucí práce)
Teoretická část diplomové práce poskytuje stručnou charakteristiku lidských mobilních genetických elementů (transposonů), které tvoří přibližně 50% lidského genomu a jsou schopny “skákat” z místa na místo. Jsou zde popsány základní rozdělení a typy transposonů přítomné v lidském genomu, mechanismy jejich šíření, aktivace a umlčování. Práce se také věnuje tzv. domestikaci transposonů, popisuje způsoby jakými TE přispívají k poškození DNA a shrnuje nemoci způsobené mutagenní aktivitou transposonů v lidském genomu. Závěr teoretické části je věnován technologiím sekvenace příští generace (NGS). V praktické části byla analyzována data z RNA-seq experimentu, pomocí kterých byla srovnána aktivita transposonů v normálních a rakovinných buňkách prostaty a tlustého střeva. K analýze byly použity jak veřejně dostupné sofistikované nástroje (TopHat), tak vlastní skripty. Výsledky dokazují, že u rakovinných buněk dochází ke zvýšené expresi transposonů, což koresponduje s publikovanými výsledky a naznačuje souvislost aktivity transposonů se vznikem rakoviny.
|
|
|
Studium poškození DNA pomocí PCR
Jansová, Adéla ; Jirkovská, Anna (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Abstakt Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra Biochemických věd Kandidátka: Bc. Adéla Jansová Školitel: PharmDr. Anna Jirkovská, Ph.D. Název diplomové práce: Studium poškození DNA pomocí PCR Klíčová slova: funkce DNA, DNA poškození, PCR, SINE elementy Předávání genetické informace budoucím generacím je možné díky replikaci DNA za pomoci enzymů, hlavně DNA polymerasy. Nejdůležitější funkcí DNA je biosyntéza proteinů, které vykonávají specifické funkce v celé buňce. Kódující DNA sekvence jsou zdrojem pro syntézu proteinů. Ty vznikají transkripcí dané sekvence za pomoci RNA polymerasy a následně jsou translací přeloženy na aminokyseliny. Nekódující sekvence mají hlavně regulační funkce, jsou to funkční molekuly DNA (rRNA, tRNA, snRNA) a regulační oblasti (promotory, zesilovače a tlumiče), dále také transpozony (SINE, LINE) a pseudogeny. Poškození DNA způsobuje UV záření, ionizační záření, chemické látky (léky na bázi cisplatiny, alkylační látky, apod.), reaktivní formy kyslíku a také dochází k poškození DNA deaminací bází. Při poškození se aktivují opravné procesy, které odstraňují chybné párování, addukty a zlomy. Pokud se nepodaří poškození odstranit opravnými procesy, dochází k tvorbě mutací, senescenci nebo buněčné smrti. Stanovit poškození DNA je možné několika metodami podle...
|
|
|
Goniometry in Ptolemy's Almagest
Kušnír, Martin ; Halas, Zdeněk (vedoucí práce) ; Bečvář, Jindřich (oponent)
Táto práca sa venuje začiatkom goniometrie v antickom Grécku, ako ich máme dochované v diele Klaudia Ptolemaia Almagest. V prvej časti popisujeme predchodcu goniometrickej funkcie - dĺžku tetivy a akým spôsobom Ptolemaios vypočítal tabuľku jej hodnôt. Takisto ukazujeme analógiu medzi dĺžkou tetivy a modernou goniometrickou funkciou sínus. V práci sú dodržiavané pôvodné postupy výpočtu, ktoré sú preložené do moderného matematického jazyka. Neskôr sa venujeme aj presnosti tabuľky dĺžok tetív a popisu Hérónovho algoritmu na výpočet odmocniny. Druhá časť práce slúži k obzrejmeniu, ako Ptolemaios použil tabuľku dĺžok tetív pri astronomických výpočtoch. Vychádzame pritom z jeho predstavy o slnečnej sústave a pohyboch nebeských telies v nej. Kľúčové slová: goniometria, Ptolemaios, Almagest, tetiva, sínus
|
|
| |
|
|
Analýza dat ze sekvenování příští generace ke studiu aktivity transposonů v nádorových buňkách
Hrazdilová, Ivana ; Čegan,, Radim (oponent) ; Eduard, Kejnovský (vedoucí práce)
Teoretická část diplomové práce poskytuje stručnou charakteristiku lidských mobilních genetických elementů (transposonů), které tvoří přibližně 50% lidského genomu a jsou schopny “skákat” z místa na místo. Jsou zde popsány základní rozdělení a typy transposonů přítomné v lidském genomu, mechanismy jejich šíření, aktivace a umlčování. Práce se také věnuje tzv. domestikaci transposonů, popisuje způsoby jakými TE přispívají k poškození DNA a shrnuje nemoci způsobené mutagenní aktivitou transposonů v lidském genomu. Závěr teoretické části je věnován technologiím sekvenace příští generace (NGS). V praktické části byla analyzována data z RNA-seq experimentu, pomocí kterých byla srovnána aktivita transposonů v normálních a rakovinných buňkách prostaty a tlustého střeva. K analýze byly použity jak veřejně dostupné sofistikované nástroje (TopHat), tak vlastní skripty. Výsledky dokazují, že u rakovinných buněk dochází ke zvýšené expresi transposonů, což koresponduje s publikovanými výsledky a naznačuje souvislost aktivity transposonů se vznikem rakoviny.
|
host ::
RSS.